20世紀80年代初，中國農村推動改革開放，農業生產取得了舉世矚目的成就，為保障世界糧食安全作出了巨大貢獻。但也必須清楚地看到，農業生產巨大成就所付出的巨大的生態環境代價。眾所周知，中國農業生產是以化學品大量投入為基礎的，最大限度地提高水土資源的產出率，由此帶來了對水土資源的巨大壓力，使其長期處于被“剝奪”的狀態。與此同時，在快速工業化、城鎮化、農業現代化進程中，水土資源遭受著日益嚴重的污染，進而對農產品質量安全、國內消費者健康構成威脅。因此，必須在習近平綠色發展思想的指導下，推動中國農業的轉型發展。農業的綠色轉型發展既有利于保護水土資源，保障農產品質量安全，提高中國農產品國際競爭力，也有利于提高國人的健康水平，全面推進農村生態文明建設。
（一）立足于綠色發展理念，認識農業綠色轉型發展的重要性
黨中央、國務院高度重視食品安全工作，習近平總書記也為此做過專門指示，特別是廣大消費者更關注自己的身體健康，更關注自己的食品安全問題。因此，需要加強科學的頂層設計，推動食品安全戰略的實施，用綠色發展理念指導農業綠色轉型，以確保中國農產品質量安全。要將農業綠色轉型發展提升到關系中華民族自身能否延續下去的戰略高度。只有這樣，才能在綠色發展理念的指導下，切實轉變農業生產方式，一方面保證農業生產所依賴水土資源質量的提升，另一方面確保農產品質量的安全可靠。
（二）依據綠色發展理念，厘清農業綠色轉型發展的關鍵問題
首先，根據綠色發展理念，農業的發展目標、發展模式、發展內容以及發展機制與政策都要轉變，以此推動農業走上綠色發展的軌道。
其次，應根據綠色發展理念，逐步建立起有效的監管機制，加強對生產資料生產企業的行為、農民生產行為以及農產品加工企業、市場銷售商行為的監管，促使他們按照綠色發展理念進行生產，使農業生產的每個環節都符合綠色發展的要求。
其三，農業綠色轉型發展涉及不同的群體，政府、企業、科技人員、農民在其中都發揮著不同的作用，因此，各主體都應該發揮其各自的功能，不能越俎代庖，更不能推卸責任，每個主體都應該確保自己的生產與管理行為符合綠色發展的要求。
（三）按照綠色發展理念的要求，加大水土資源保護力度
首先，以“三條紅線”為原則，提高對農業生產的水資源保障。隨著工業化、城鎮化的進一步發展，以及全球氣候變化所產生的影響，中國水資源、水生態、水環境將面臨更加嚴峻的形勢。要以水資源管理的“三條紅線”為原則，確保農業生產對水資源的需求。為此，要以提高灌溉用水效率為著力點，明確節水的重點區域，并注重不同區域的技術開發與集成；同時，要以區域水環境保護為核心，調整產業結構，切實為糧食生產提供清潔灌溉水資源，從而實現糧食生產的數量與質量“雙安全”。
其次，加強農村污水處理、污水再生利用模式及技術的研究，減少污水污染。組織不同領域的專家、實際工作者研究適應于不同區域的農村污水處理模式與技術，以供不同區域選擇。采用污水再生利用技術，使得處理后的污水滿足水質標準的要求，在技術標準規范的指導下，對各種先進、經濟、適用的技術進行綜合與集成，采用適宜的技術路線和工藝方案，以實現污水資源化利用的目標。要盡快研究建立各類用途再生水的水質標準體系，逐步制定和完善相關技術規范和配套政策，確保健康有序地推進城市污水再生利用工作。
其三，以土地生產率為準則，確保18億畝耕地紅線。工業化、城鎮化進程中所占用的土地都是生產率較高的耕地，但通過“占補平衡”、土地整理恢復等措施補充的耕地都是生產率極低、甚至沒有生產率的土地。因此，應以區域土地生產率的平均水平為標準，對通過整理后的土地進行生產率評估，然后進行折算，以確定這些土地的當量面積；其后，隨著對地力的培育，逐漸進行折算。這樣才能確保中國農產品的供應安全，這也是實現農業供給側結構性改革的基礎。
其四，以提高土地生產率為目標，改善耕地質量。農業可持續發展需要優質的耕地來保障。為此，需要大力推進高標準基本農田建設，改善耕地質量，提高土地生產率。
其五，以提高農產品質量為目標，加強受污染土壤的生態修復。土壤污染治理是未來耕地質量安全的重要領域。可以采取有效措施，加大受污染土壤的修復力度。例如，通過創新水質監測技術，減少污水灌溉造成的土壤污染；通過創新測土配方施肥技術，提高化肥使用率，減少化肥施用對土壤造成的污染；創新土壤污染治理技術，將植物修復技術、生物修復技術、物理修復技術以及化學修復技術進行集成，根據土壤污染的類型及程度，選擇合適的集成技術；針對目前中國耕地重金屬污染問題，應采取綜合有效的技術措施，加大恢復治理的力度；對于小規模的污染農田，可以采用換土的辦法，把城鎮建設、道路建設以及其他用途占用的基本農田的表層土壤進行剝離，轉移到污染農田，以提高土地的生產能力。
（四）以綠色發展理念規范農業各個生產環節的行為
首先，規范農業生產資料生產行為。依據綠色發展理念，嚴格要求化肥生產企業根據農業部推行的測土配方施肥工程所提供的土壤肥力信息，生產滿足區域需要的肥料；加大生物農藥生產技術的推廣力度，從源頭上徹底杜絕劇毒農藥的生產，以減少對農產品及其生產環境的污染；大力推廣可降解薄膜生產技術，降低其生產成本，以減少白色污染；在飼料生產方面，杜絕銅、鋅、砷等重金屬元素的添加，以減少隨養殖廢棄物進入土壤或水體對其造成重金屬污染。
其次，規范農業生產主體的行為。以綠色發展理念為指導，政府應發揮好引導、服務功能，加快制定嚴格的農產品質量標準體系，使產前、產中、產后的質量監督、管理都能與國際接軌；建立與完善農業社會化服務體系，提高農業生產化解自然和市場風險的能力；強化農產品質量安全檢測監督，建立一支專業技術人才隊伍，發揮其在農產品質量檢測中的作用；企業、農民作為農業生產的直接主體，應按照農業生產技術規范進行生產，以確保農產品質量安全。
其三，應重構循環型生態農業生產體系。根據循環型生態農業原理，在規模化養殖區域，構建以農作物生產為基礎的生態農業產業循環體系，實現種植業與養殖業的協調發展，使養殖業為種植業提供有機肥；逐步建設高標準農田，種植業以農作物秸稈為養殖業提供飼料，實現區域內種植、養殖、農產品加工產業之間的大循環，從而實現經濟效益、社會效益和生態效益的統一；逐步減少化肥投入，進而改善土壤，提高農產品品質。
（五）依據綠色發展理念，注重農業生產技術的生態風險評估
在農業現代化進程中，農業科技發揮著越來越大的作用。隨著農業科技投入的日益增加，科研人員研發的農業新技術也越來越多，但對這些農業技術存在的潛在負面影響沒有給予足夠的關注，由此引發了一系列食品安全事故。為此，應建立并強化農業生產技術的生態風險評估機制，以降低農業技術造成重大負面影響的風險。
